История разворачивается в двадцать втором веке, когда технологический прогресс вышел на высокий уровень. Космический линкор Ямато должен попытаться спасти планету. Если не оказать ей во время помощь, то она умрет, станет безжизненной. Империи Гимилус удается на протяжении длительного времени уничтожать любые планеты. Перед ними нет препятствий, мощное оружие позволяет захватывать все на своем пути. В какой-то момент Земля подвергается метеоритному дождю, от чего поверхность приходит в ужасное состояние. Огромной проблемой для планеты стала радиация, медленно убивающая все вокруг.

Казалось, что нет спасения для людей, но однажды им приходит сигнал от далекой внеземной цивилизации Искандер. Жители этого мира решили помочь землянам. Они отправляют чертежи особого двигателя, который поможет людям построить мощный корабль и отправиться по их координатам. Линкор Ямато был подвержен изменениям, с новым двигателем он мог стать спасителем для всего человечества. Капитаном нового экипажа станет Джузо Окит. Ему предстоит отправиться в далекое путешествие, за предела солнечной системы. Теперь вся надежда только на них, поэтому их ждут с огромным нетерпением все жители Земли.