Два года спустя после трагической катастрофы с Галактусом, в которой предположительно погиб Кондор Джо, мир снова сталкивается с угрозой. Лидер Икс организует нападение на роскошный круизный лайнер, в результате которого почти все пассажиры погибают. Из всех людей, находившихся на борту, выживает только молодая девушка, которая, пережив утрату, превращается в загадочную злодейку по имени Гель Садру. Внешне она выглядит взрослой, но в её поведении часто проявляется детская импульсивность, что вызывает ещё большее беспокойство у её противников. В это же время на горизонте появляется угроза возрождения организации «Галактор», и команда «Научных Ниндзя» снова готова вступить в борьбу.

Вместо погибшего Джо на его место берется новый участник — Хоук Гетц. Однако вскоре раскрывается страшная тайна: Хоук оказывается шпионом «Галактора», который убил настоящего Гетца. Хоук погибает от таинственного сюрикена, сделанного из пера, оставив после себя лишь загадку. В четвёртом эпизоде, как по волшебству, возвращается Кондор Джо, чудом выживший после трагического инцидента. Его спас бывший учёный-галакт, который, понимая, что другого выхода нет, провёл сложную кибернетическую операцию и трансформировал Джо в улучшенную кибернетическую версию. С этого момента Джо становится ключевой фигурой в борьбе с «Галактором». Также появляется новый персонаж — доктор Пандора, талантливый учёный, переживший гибель своей семьи во время крушения лайнера.