Чихару, обладатель нечеловеческой силы, и Макина, оснащённая кибернетическими модулями, были задержаны за опасные манёвры вне орбиты. Их приговор — трудовая повинность на изношенном рейсовом экспрессе «Милки ☆ Метро», курсировавшем между системами. Сначала казалось, что задача ограничится рутинной уборкой и дежурствами. Однако внезапный запуск, полный отказ автоматических тормозов и стремительный рывок по нестабильной траектории изменили всё. Им пришлось взять на себя ответственность за поддержание контроля в технически нестабильной и непредсказуемой среде. Коммуникация с диспетчерами исчезла, маршрут перестал поддаваться навигации, внутренние отсеки начали жить собственной жизнью.

Во время движения Чихару и Макина сталкиваются с разнообразными существами, многие из которых не значатся в реестрах. В коридорах проявляются энергетические искажения, нарушающие гравитационные законы, происходят пространственные скачки. Некоторые пассажиры избегают контактов, другие — ведут себя враждебно, третьи исчезают без следа. За каждым поворотом героев поджидают неопознанные угрозы, загадочные механизмы, фрагменты забытых цивилизаций. Вскоре становится ясно, что состав обладает характеристиками, не свойственными обычным транспортным модулям. Метро реагирует на эмоции, мысли, решения, словно живой организм. Структура маршрута подстраивается под поведение экипажа, проверяя каждого на прочность.